乾符四年（公元877 年）二月，黄巢独自领导农民军攻陷了郓州，斩杀了唐天平军节度使薛崇。三月，又攻陷了沂州，势力得到了进一步壮大。但此时的黄巢孤军作战，势单力薄，在攻打宋州的时候，再次和王仙芝会合。可围攻宋州失败后，黄巢决定向南发展，与王仙芝南北呼应，互相配合，攻打郡县，抗拒官军。

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这两人就像一对“搅屎棍”，把唐朝的军队搅得是精疲力竭。但王仙芝这家伙，就像宋江一样，老是想着招安，几次三番想接受朝廷的招抚，他这种妥协的态度，严重动摇了农民军的斗志。

乾符五年（公元878 年）二月，申州黄梅之役，王仙芝战败被杀。这对农民军来说，无疑是一个巨大的打击。但王仙芝的余部由将领尚让率领，北上投依黄巢，与黄巢会师于亳州。大家一看，群龙不能无首啊，于是就推举黄巢为王，称“冲天太保均平大将军”，改元“王霸”，并设官分职，建立了统一的领导机构。从此，黄巢正式成为了农民军的老大，开启了他更加波澜壮阔的征程。

成为老大后的黄巢，野心勃勃，想要干一番大事业。乾符五年（公元878 年）三月，他想进攻东都洛阳，唐廷得知消息后，急忙命左神武大将军刘景仁率兵五千救援，命河阳节度使郑延休率兵三千驻守河阴。

可这时候，黄巢的农民军却遇到了一些挫折。在江西的兵马，被镇海节度使高骈消灭；攻打新郑、郏、襄城、阳翟的军队，被崔安潜击退；在浙西的部众，也被节度使裴璩打败。农民军士气低落，陷入了困境。

黄巢一看这情况，心想：“这样下去可不行，得想个办法。”于是，他决定向唐军投降。唐廷一看黄巢投降了，还挺高兴，就诏命黄巢为右卫将军。可黄巢哪是真心投降啊，他心里打着自己的小算盘呢。他发现藩镇之间各自为战，根本不足为惧，于是没过多久，就又反叛了唐朝。

黄巢复叛后，立刻挥师渡江，进攻江南地区。他就像一阵旋风，接连攻下虔、吉等州，又攻打浙江东西部。为了避免与劲敌唐镇海节度使高骈决战，黄巢还想出了一个奇招，他从衢州到建州开辟山路 700 里，挺进福建，攻下了福州城。这一招可把唐朝的官员们给惊呆了，纷纷感叹：“这黄巢，真是个不按常理出牌的家伙！”

唐僖宗一看黄巢这么能折腾，又想招安他，委任黄巢为率府帅。可黄巢根本不买账，直接拒绝了。乾符六年（公元879 年）九月，黄巢指挥农民军南下向广州进军，经过一番激烈的战斗，攻占了广州城。

攻下广州后，黄巢自称“义军百万都统”，还发布檄文，斥责朝廷朝政由宦官把持，把唐朝的那些丑事都给抖了出来。这檄文一发布，就像一颗炸弹，在唐朝的官场炸开了锅，那些官员们气得是咬牙切齿，可又拿黄巢没办法。

在广州休整之后，黄巢率军向西北进军，十月，攻取桂州，占据了岭南的大部分地区。广明元年（公元880 年），正好遇到湘江水高涨，黄巢抓住这个机会，挥师自桂林顺湘江乘船北上，连下永州、衡州、潭州，灭敌十万，李系溃逃。这一系列的胜利，让黄巢的名声大振，农民军的士气也达到了顶点。

广明元年（公元880 年）五月，黄巢率军在信州歼灭高骈的大批精锐，接着又连下睦州、婺州等地。十一月，黄巢率领农民军北渡淮河，进颍、宋、徐等州境内，纵横千里。沿途的农民看到黄巢的队伍这么厉害，纷纷踊跃加入，农民军迅速扩展到六十万人。这时候的黄巢，那是意气风发，仿佛天下都在他的掌握之中。

农民军进入汝州后，黄巢向唐军传檄，让他们不要抵抗农民军先锋。然后，兵临东都洛阳。唐东都留守刘允章一看这架势，吓得腿都软了，哪还敢抵抗啊，赶紧率领文武官员开城向黄巢投降。黄巢不费一兵一卒，就拿下了洛阳，这可把他给乐坏了，他自称“率土大将军”，在洛阳城里好好地风光了一把。

同年十二月初，农民军自洛阳西进攻克潼关，唐僖宗一看大事不妙，吓得赶紧携带文武百官南逃。这皇帝都跑了，长安城里的官员们更是乱成了一锅粥。不久，黄巢亲率农民军进入长安，百姓们夹道欢迎，都盼着黄巢能给他们带来好日子。

黄巢带领的农民军，刚开始纪律还挺严明，不掠夺百姓的财产，将士们在街道上每遇到贫民，往往还会对他们加以施舍。百姓们一看，这和之前的官军完全不一样啊，都觉得黄巢是个好领导，对他充满了期待。