在南军封锁摄津方向的官道后不久，京都以南的大和官道、以东的近江官道和以北的若狭官道接二连三地被彻底封锁，一切往来都被切断，随之断绝的还有京都的粮草供应。京都人口众多，自古以来就从未实现粮草的自给自足，更别提经历了多年战乱的现在了。

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京都的百姓们很快就发现，往日里来来往往向京都的集市里运粮的粮商们都不见了踪影，顿时陷入了恐慌之中，纷纷开始抢囤粮食。而各大米行的粮食存粮，也很快见了底。天文十四年（1546）5月10日，整个京都的市场上就已经买不到一粒米了。

北军也曾尝试过重新打通摄津到京都的官道，可是向那个方向进军，必须要从东寺和随林寺里的甲骏联军的眼皮子底下通过。只有先压制住这两军，才有可能抵达官道沿线。问题是，北军的兵力本就不及南军，在他们做出向西南进军的动作后，南军立刻发动全线攻击，迫使北军主力回防。最终北军能动用的进攻部队也是屈指可数，根本没办法击败已经在官道上修了小半个月的防御工事的六角军和若狭武田军。

所幸，京都还保留着最后一条与外界沟通的通道——向西通往丹波的道路。三好长庆紧急安排丹波的波多野家向京都运粮，而让摄津的三好家留守将摄津的存粮再向北运往丹波。一来一去，就是两条难走的山路，运输效率也难有保障。如果北军不进行军事行动，这些运来的粮食倒是能覆盖全部的军粮开支。可一旦南军主动挑起战斗，迫使北军的士兵不断消耗体力，也不断增加饭量——那随即带来的粮食用度就会超过补给能力所需。

而太原雪斋也显然发现了这一点。在注意到北军偃旗息鼓，没有主动打通交通线，反而开始固守后，他就判断出了北军想要借此减少粮草消耗。于是在他的授意下，南军各部开始轮流袭扰，不求取得多大的突破，也要让北军的士卒每天都要疲于应对。每天坐着不动，倒是还能用稀粥来对付伙食。可如果士卒们都披甲上阵了，不来点干饭可就说不过去了吧？这个时候还克扣伙食，那就得等着哗变了。

更为恐怖的是，即使再怎么节衣缩食，到天文十四年（1546）6月之际，京都百姓们家中的存粮也濒临殆尽了，兴起了大规模的逃荒潮。然而，汹涌的逃荒浪潮却被南军设置的关卡全部阻挡。但凡有百姓想强行出逃，就会被乱抢捅回去——外乡来的士卒可不会给京都人什么好脸色。无奈之下，百姓们试图行贿收买士卒们——但这也是被南军高层明令禁止的。士卒们钱倒是收了，可没有几个人真的敢给百姓放行，只是偶尔趁着轮班之际，才会从小道放走数人。

绝望的百姓们开始尝试翻山越岭走野路逃走，可一旦遇到南军的巡逻马队和忍者小队，就会被将身上的盘缠行李劫掠一空，随后重新驱赶回京都。数天的挣扎后，绝大多数的逃亡百姓不得不灰溜溜地离开关卡，全部涌向了还正常开放的丹波-京都官道。但这条狭窄崎岖的官道肩负着供给北军粮草所需的任务，根本没有多余的通行量去分给逃亡的百姓。于是，北军也做出了同样的选择——将官道对百姓封闭，只允许运粮队进来，不允许百姓出去。

这些饥肠辘辘的百姓，眼睁睁地看着一车一车的粮食在自己眼皮子底下运入京都，供外乡士兵食用，而自己却只能在封闭的官道旁等着饿死。即使是再温顺懦弱的草民，到了这种地步，也会爆发出可怕的能量。

先是有人不顾鞭打驱逐，尝试捡起散落在地上的粮食。随后，偷窃粮食的行为开始频发。最后，直接演变成了百姓一揆，大肆攻击运输队和守卫的北军士兵，只为了抢夺一口活命的粮食……

不费一兵一卒，北军已经几乎被逼至绝境。